有些儀器的使用說明書會給出光譜儀的常見故障及排查方法，有些儀器還有自診斷功能，當傅里葉紅外光譜儀不能正常工作時，可先啟動儀器自診斷功能，檢查儀器某些器件工作狀況，或者根據儀器的異常現象，參照儀器使用說明書進行排查。若發現是光譜儀硬件損壞，應請專業維修工程師來現場處理，若無法查出故障原因，也應及早與維修工程師溝通，及時傳遞儀器的故障信息·以便工程師來現場維修之前能大概判定故障原因并準備好所需的備品備件。如果故障原因不是硬件問題，可通過調整、重新設置光譜儀參數等技術操作解決的，可自行處理。下面為一些常見故障及排査方法，供參考。