紅外光譜指紋區（1300~400cm-1，7.69~ 25微米）吸收峰的特征性強，可用于區別不同化合物結構上的微小差異。猶如人的指紋，故稱為指紋區。指紋區的紅外吸收光譜很復雜，能反映分子結構的細微變化。常見的紅外吸收光譜如下圖所示：
這個區域的振動類型復雜而且重疊，特征性差，但對分子結構的變化高度敏感，只要分子結構上有微小的變化，都會引起這部分光譜的明顯改變。下圖所示為常見官能團的基團吸收峰位置：
解析區間
(1)根據分子式計算不飽和度公式：不飽和度 Ω=n4+1+(n3-n1)/2 其中：n4：化合價為4價的原子個數(主要是C原子)， n3：化合價為3價的原子個數(主要是N原子)， n1：化合價為1價的原子個數(主要是H,X原子)
(2)分析3300~2800cm-1區域C-H伸縮振動吸收;以3000 cm-1為界：高于3000cm-1為不飽和碳C-H伸縮振動吸收，有可能為烯，炔，芳香化合物;而低于3000cm-1一般為飽和C-H伸縮振動吸收;如下圖細分：
(3)若在稍高于3000cm-1有吸收,則應在2250~1450cm-1頻區，分析不飽和碳碳鍵的伸縮振動吸收特征峰，其中炔：2200~2100 cm-1， 烯：1680~1640 cm-1 芳環：1600,1580,1500,1450 cm-1若已確定為烯或芳香化合物，則應進一步解析指紋區，即1000~650cm-1的頻區，以確定取代基個數和位置(順、反，鄰、間、對);
(4)碳骨架類型確定后,再依據官能團特征吸收，判定化合物的官能團;
(5)解析時應注意把描述各官能團的相關峰聯系起來，以準確判定官能團的存在,如2820，2720和1750~1700cm-1的三個峰，說明醛基的存在。
例子1：
例子2：
健值心法口訣
1.烷烴：C-H伸縮振動(3000-2850cm-1)C-H彎曲振動(1465-1340cm-1) 一般飽和烴C-H伸縮均在3000cm-1以下，接近3000cm-1的頻率吸收。
2.烯烴：烯烴C-H伸縮(3100~3010cm-1)，C=C伸縮(1675~1640 cm-1)，烯烴C-H面外彎曲振動(1000~675cm-1)。
3.炔烴：炔烴C-H伸縮振動(3300cm-1附近)，三鍵伸縮振動(2250~2100cm-1)。
4.芳烴：芳環上C-H伸縮振動3100~3000cm-1,C=C 骨架振動1600~1450cm-1,C-H面外彎曲振動880~680cm-1。
芳烴重要特征：在1600，1580，1500和1450cm-1可能出現強度不等的4個峰。C-H面外彎曲振動吸收880~680cm-1，依苯環上取代基個數和位置不同而發生變化，在芳香化合物紅外譜圖分析中，常用判別異構體。
5.醇和酚：主要特征吸收是O-H和C-O的伸縮振動吸收， 自由羥基O-H的伸縮振動：3650~3600cm-1,為尖銳的吸收峰， 分子間氫鍵O-H伸縮振動：3500~3200cm-1，為寬的吸收峰; C-O 伸縮振動：1300~1000cm-1,O-H 面外彎曲：769-659cm-1
6.醚特征吸收：1300~1000cm-1 的伸縮振動， 脂肪醚：1150~1060cm-1 一個強的吸收峰 芳香醚：1270~1230cm-1(為Ar-O伸縮)，1050~1000cm-1(為R-O伸縮)
7.醛和酮：醛的特征吸收：1750~1700cm-1(C=O伸縮)，2820，2720cm-1(醛基C-H伸縮) 脂肪酮：1715cm-1，強的C=O伸縮振動吸收，如果羰基與烯鍵或芳環共軛會使吸收頻率降低
8.羧酸：羧酸二聚體：3300~2500cm-1 寬而強的O-H伸縮吸收1720~1706cm-1 C=O伸縮吸收1320~1210cm-1 C-O伸縮吸收 ， 920cm-1 成鍵的O-H鍵的面外彎曲振動
9.酯：飽和脂肪酸酯(除甲酸酯外)的C=O 吸收譜帶：1750~1735cm-1區域 飽和酯C-O譜帶：1210~1163cm-1 區域為強吸收
10.胺：N-H 伸縮振動吸收3500~3100cm-1;C-N 伸縮振動吸收1350~1000cm-1; N-H變形振動相當于CH2的剪式振動吸收：1640~1560cm-1;面外彎曲振動吸收900~650cm-1.
11.腈：三鍵伸縮振動區域，有弱到中等的吸收脂肪族腈 2260-2240cm-1 芳香族腈 2240-2222cm-1
12.酰胺：3500-3100cm-1 N-H伸縮振動
1680-1630cm-1 C=O 伸縮振動
1655-1590cm-1 N-H彎曲振動
1420-1400cm-1 C-N伸縮
13.有機鹵化物：脂肪族C-X 伸縮: C-F1400-730 cm-1，C-Cl 850-550cm-1 ，C-Br 690-515cm-1,C-I 600-500 cm-1
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